Kuopion Setlementti Puijola perustettiin 1995. Perustajien ajatuksena oli alkuun lähteä tekemään vanhustyötä. Toimintaan ei kuitenkaan saatu rahoitusta. Puijola käynnistyi toden teolla kaksi vuotta myöhemmin, kun Puijola sai rahoitusta kohtaamispaikka Kotikulman perustamiseen.
Kotikulma teki työtä Petosen kaupunginosassa RAY:n rahoituksella yli 10 vuotta toimien Kuopion kaupungin asukastupana viimeiset vuodet. Asukastupia oli parhaimmillaan Kuopion lisäksi Nilsiässä ja Karttulassa. Puijola työllisti parhaimmillaan satoja pitkäaikaistyöttömiä asukastuvissa. Toiminta päättyi, kun asukastupatoiminnan koordinointi siirtyi kokonaan kaupungin vastuulle.
Vuonna 2009 perustetun tukikeskus Mahkun juuret ovat Kotikulmassa, jossa tehtiin jo työtä vankilasta vapautuneiden kanssa. Nykyisin Mahku tukee rikostaustaisia ja heidän läheisiään.
Puijola laajeni vuosien varrella monikulttuurisuustyöhön, josta juuri muut toimijat eivät olleet kiinnostuneita. Kansainvälinen kohtaamispaikka Kompassi perustettiin 1999. Kimppa-hanke työllisti maahanmuuttajataustaisia. Toiminta jatkoi kehittymistään ja vuonna 2008 alkoi Yhteistyössä Työelämään -hanke, jossa etsittiin työpaikkoja maahanmuuttajataustaisille työnhakijoille. Se oli alkua nykyään toimivalle Validi-hankkeelle.
Kompassin suosittujen Tervetuloa Suomeen kurssien alkujuuret ovat vuosina 2012 ja 2013 toimineessa valtakunnallisessa hankkeessa.
Nykyisin Puijolaan kuuluu myös Tyttöjen talo, joka on 12-29-vuotiaille nuorille tarkoitettu paikka, jossa jokaisella on mahdollisuus tulla nähdyksi ja kuulluksi. Aggredi-työ alkoi Setlementti Puijolassa keväällä 2015. Aggredi on 18-49-vuotiaisiin kodin ulkopuolisen väkivallan tekijöihin keskittyvä hoidollinen työmuoto.
Kuopion Asumisneuvonnan juuret juontavat vuoteen 2015 ja turvapaikanhakijoiden laajaan maahantuloon. Silloin haluttiin turvata turvapaikanhakijoille riittävää neuvontaa. Vuonna 2023 asumisneuvonta läkisääteistettiin ja se sai rahoituksen viideksi vuodeksi.
Lasten iltapäiväkerhot ovat olleet toiminnassa jo pitkään, ja tällä hetkellä niitä toimii viidellä eri koululla.
JuJu Dance on Setlementti Puijolan uutta sosiaalista tanssitoimintaa toimintaa Kuopiossa. Se perustettiin vuonna 2021. Juju Dancen ydinajatus on, että tanssi ja taide kuuluvat jokaiselle. Juju Dancen suosio on kasvanut hurjaa vauhtia.
Puijolan perusti vastaanottokeskuksen Ukrainan sodan alussa.
Puijolan ylläpitämä Kuopion vastaanottokeskus aloitti Ukrainan sodan seurauksena huhtikuussa 2022, ja laajeni Iisalmeen saman vuoden marraskuussa. Parhaimmillaan Kuopion ja Iisalmen vastaanottokeskusten asiakasmäärä oli lähes 2 500 ihmistä, ja työllisti noin 50 vastaanottokeskuksen työntekijää. Toiminta lakkasi keväällä 2024, kun maahanmuuttovirasto lopetti suorahankintasopimuksia.
Puijola vastasi Maahanmuuttoviraston pyyntöön myös vuosina 2015-2020 ylläpitämällä Tarinan vastaanottokeskusta ja Leväsen hätämajoitusyksikköä vuonna 2015.
